Manual.txt

0. 사전 작업
i. pip 설치
pip는 파이썬으로 작성된 패키지 소프트웨어를 설치, 관리하는 패키지 관리 시스템
- 윈도우 pip 설치 방법
curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
python get-pip.py

ii. 기본 Shell 명령어
쉘(Shell)은 운영체제의 커널과 사용자간의 다리역할을 하는 것으로 
사용자로부터 명령을 받아 그것을 해석하고 프로그램을 실행하는 역할
디렉터리(Directory) = 폴더
경로 연결 특수키 = \

- cd: 디렉터리 이동 ex) cd Desktop
- ls: 현재 디렉터리 리스트 확인 ex) ls Desktop
- pwd: 현재 위치 확인 
- .: 현제 디렉터리
- ..: 상위 디렉터리 


iii. PowerShell 
- PowerShell 실행
- 실행파일이 있는 곳까지 디렉토리 이동


1. 기본 라이브러리 설치 작업
pip install -r requirements.txt 
라이브러리 리스트
- nibabel
- numpy
- pyrobex
- dicom2nifti
- pydicom
- SimpleITK


2. 사용방법
변환을 원하는 파일, 디렉터리를 little_spm.py이 있는 곳에 두고 
python little_spm.py ~~~ 실행

폴더로 작업하는 기능
- Dicom to Nifti
	python little_spm.py --rotate --directory <sample directory> --angle <degree>
	ex) python little_spm.py --rotate -d 15819775_T1 -a 3

- Rotate Dicoms
	python little_spm.py --convert --directory <sample directory>
	ex) python little_spm.py --convert -d 15819775_T1

파일로 작업하는 기능
- Image Registration
	python little_spm.py --registration --input <nifti file> --template <nifti file>  --iterations <numberOfIterations>
	ex) python little_spm.py --registration -i 15819775.nii -t brain_atlas.nii

- Brain Smoothing
	python little_spm.py --smoothing --input <nifti file> --fwhm <fwhm>
	ex) python little_spm.py --smoothing -i 15819775_T1.nii -f 8

- Brain Extraction (Only run in Linux)
	python little_spm.py --extract --input <nifti file>
	ex) python little_spm.py --extract -i 15819775_T1.nii

- Normalization
	python little_spm.py --normalize --input <nifti file>
	ex) python little_spm.py --normalize -i 15819775_T1.nii

- Resize
	python little_spm.py --resize --input <nifti file> -x <x> -y <y> -z <z>
	ex) python little_spm.py --normalize -i 15819775_T1.nii -x 160 -y 190 -z 224